1.4人行動時，A和B分別控制瑪琍歐和路易基的跳躍，若在跳躍後，再按X or Y則能使小瑪琍歐或小路易從背上再次跳躍，作用是撞到高處的磚塊。站立不動時按X or Y，則能扔出小瑪琍歐和小路易，有的地方，高處的入口只能容納小瑪琍歐和小路易基進入，也需要此技
2.瑪琍歐和路易行動時，用R可以切換指令，這時A是兩人合體變為球，移動速度增加；若是球碰到小瑪琍歐和小路易，則可使他們變為扁平狀態，可以穿過極筺耐ǖ潰飈材鼙環鞝燈鵠礎囲則是空中旋轉，可以在高平台之間來回移動；若在這種狀態下碰到小瑪琍歐和小路易，則可使他們旋轉飛起，且下落時變得十分緩慢
3.小瑪琍歐和小路易行動時，用R亦能切換指令，這時A則使小瑪琍歐揮動鐵錘，除了能打碎擋路的木箱和打開牆壁上的機關外，還能攻擊敵人造成數回合內昏迷；B則能使兩人潛入地面，能夠進入平常狀態進入不能的地方
ps.由於本作有許多需要解謎的地方，所以要多多觀察並使用上面的技巧喔
操作介紹
按鍵操作
十字鍵 移動
ABXY 分別控制瑪琍歐，路易，瑪琍歐和小路易
L 返回指令（用於逃跑和升級加點處等）
R 切換動作指令
START 進入or退出菜單
戰鬥指南
進入戰鬥
遊戲中的敵人都是可見的，若在遇到敵人前，先用跳躍踩其頭部的話，在進入戰鬥後會先給予所有敵人額外的攻擊，當然，頭頂帶刺的敵人是不能踩的，會自己損失HP；小馬裡奧和小路易基除了可以用跳躍先手以外，還能用鐵錘敲敵人，方法是面對敵人時切換到鐵錘敲擊，這樣一來在進入戰鬥後，會有部分敵人處於昏迷狀態，對於戰鬥來說是非常有利的。
戰鬥中
1. 跳躍攻擊
2人戰鬥時，當人物跳到敵人頭頂時再按下對應人物的控制鍵，能對敵人產生較高的傷害；4人戰鬥時，先按下背著的人物的控制鍵，然後再按下面人物的控制鍵，能夠形成2次攻擊，產生傷害較高。例如：在背著小馬裡奧的馬裡奧用跳躍攻擊時，在其到達敵人頭頂的瞬間，先按X用小馬裡奧攻擊，這時馬裡奧跳起來，下落至敵人頭頂再次按A攻擊。
2.鐵錘攻擊
2人戰鬥時（限小馬裡奧和小路易基），在輸入指令後，按住控制鍵不松，在人物的手顫抖時迅速再次按下，會使出相對最大傷害的攻擊方式；4人戰鬥時，在輸入指令後，待其走到敵人面前，先按下面人物的的控制鍵，讓其舉起上面的人物，在上面人物拿錘顫抖時再按下其控制鍵，即可對敵人造成相對最大傷害。例如：在背著小馬裡奧的馬裡奧用鐵錘攻擊時，在他們走到敵人面前時，先按下A讓馬裡奧把小馬裡奧舉起來，在小馬裡奧舉錘蓄力顫抖時，按下X即可。
升級
角色在升級後，系統會自動給予相應屬性的加點。另外，玩家自己還有一次加點機會，用類似老虎機的方式對五項屬性的任意一項進行額外加點。
HP 生命值，戰鬥中若削減到0則人物處於癱瘓狀態，只有吃下綠色蘑菇才能保證繼續戰鬥。（註：若癱瘓狀態一直到戰鬥結束，則此人物的HP變為1，這時定要使用回復道具來維持。）
流程1：庫巴城堡(Bowsers Castle)序章
| 序章 |
| 一開始baby mario（以後簡稱m）和baby luigi（以後簡稱l）進入城堡觸發劇情後和小庫巴發生戰鬥，這是遊戲的教學戰，蘑菇會教你你如何攻擊敵方，和迴避地方的攻擊。戰鬥結束後，城堡遭到進攻，Mario（以後簡稱M）、LUIGI（以後簡稱L）登場，發現老蘑菇倒地、到地圖左下標有綠蘑菇的房子裡，頂一下有「？」的開關得到藥品，返回城堡裡給老蘑菇。劇情後又是一場教學戰，蘑菇會教你如何在迴避地方攻擊的同時反擊敵人。戰後城堡大門前出現時間漩渦、跳入，冒險正式開始。 |
| Holli Jolli village |
| 剛開始還是基礎教學，過後進入中央有存盤點右邊的屋子，進去跳起頂一下煙囪裡的蘑菇後出屋發生劇情，出屋後的戰鬥3回合後，M、L被飛碟擊倒，m、l出場後通過飛船裡的基礎教學區域後，來到駕駛室引發劇情。過後在地圖左上降落後，來到事發地打敗怪物、劇情後轉至下一區域。 |
| Bowsers Castle | ||
| 區域1 | 區域2 | |
 |  | |
| 區域1要點 | 區域2要點 | |
| 這裡還是遊戲的基礎教學，沒什麼難度，像十字鍵一樣的開關要4人都站上才能打開，當m、l和M、L分開後，頂一下管子方塊就能聚集到一處了。 | 2-2把m、l扔進秘道後頂帶「！」的開關就能通過了。 | |
| 區域3 | 區域3+城堡要點 | |
 | 進入後到場景3觸發劇情，返回城堡。 | |
劇情：
很久很久以前，在太空中存在一顆暗黑星球，他們為了擴張自己的領土，向蘑菇王國伸出了魔爪……
在過去的蘑菇王國的城內，小瑪琍歐和小路易正打算找小碧奇公主，走到大殿，居然發現小碧奇公主被小庫巴抓住，無奈小瑪琍歐向小庫巴宣戰。
Battle 1
小庫巴的攻擊方式是吐火球攻擊，在其吐出火球的一瞬間，可以奶p鍵躲避。注意：務必開啟遊戲聲音，在小庫巴吐火球時會有音效提示。
此戰鬥在四回合後自行結束，所以，不必擔心會game over（開場戰鬥就掛，也太不可思議了吧……）。主要是給玩家講解戰鬥要點，以及讓玩家熟悉戰鬥操作。
正在這時，暗黑星球的侵略者開始攻擊蘑菇王國，大批外星前來，意圖則是要摧毀這座城堡……
時間：現代
地點：蘑菇城
人物：發明者協會會長Prof.E.Gadd
事件：時間機器發明完成，依靠一顆Cobalt Star作為動力
沒的說，博士Prof.E.Gadd研究的時間機器已經基本完成，這次實驗是要回到過去，碧奇公主以及幾位忠心的貼身隨從將作為時間機器的第一批乘客。他們開始時間旅行後，蘑菇大臣十分擔心公主的安危，以至昏迷不支倒地，這時，小蘑菇建議瑪琍歐去大臣的房間裡拿到蘑菇，來救助昏迷的大臣。
上屏有手型箭頭提示的房間，內有綠色蘑菇一個，另外，在城堡裡散落著不少磚塊，可以拿到金幣和道具。
回到大殿，將拿到的蘑菇給大臣服下，昏迷的大臣立刻好了。與此同時，時間機器返回，可是，裡面出來的不是碧奇公主一行，而是一隻綠色的怪物。瑪琍歐二話不說，開始與怪物的戰鬥。
Battle 2
怪物的攻擊方式只有旋轉攻擊，要躲避很容易，在其旋轉後按A鍵跳躍，不僅能躲開他的攻擊，還能對其唯一弱點——頭部——進行反擊。
小蘑菇在時間機器裡沒有找到碧奇公主，而博士Prof.E.Gadd也掏出自己的DS查閱著什麼。突然路易跑來說，花園裡出現了不明物，大家趕快出去看個究竟，而路易也和瑪琍歐一起走向花園。
來到花園，博士Prof.E.Gadd瞭解到這是時空洞，能把人傳送到過去或未來，不過不能控制方位，所以，利用這個去找失蹤的碧奇公主比較危險。路易跳上洞口旁，蹲下研究，這時大臣急沖沖的趕過來，撞到時空洞，路易失去了重心，掉入時空洞。沒辦法，瑪琍歐也只好跳進去。
這次傳送，他們到達了過去的蘑菇王國城外的一個小村。博士Prof.E.Gadd製造的行李箱也一起過來，並進行了行李箱的教學。之後，時空洞居然消失了，沒辦法，瑪琍歐和路易只好向前走。正走在路上，發現村子裡的蘑菇都被外星人帶走了。在村長屋裡發現了困在煙囪裡的村長，站在下面將他頂出即可。沒想到，屋外的村長被外星人發現並帶走了，而一旁的外星人們也與瑪琍歐們展開了戰鬥。
遊戲過程中，地圖裡會出現高矮不一的平台，這時就要依靠瑪琍歐和路易的跳躍，以攀上平台，建議AB齊按，可以輕鬆的跳上平台。
一般的問號磚塊可以頂出物品或裝備，帶M或L字樣則表示分別由瑪琍歐、路易頂出。以後的磚塊也大都如此。
與外星人的戰鬥必敗，不必擔心，是劇情。
這時，外星飛船盯上了小庫巴駕駛的飛船，不斷的攻擊著。小庫巴下達命令，立刻秒殺三艘外星飛船。而這時由於脫離航線，飛船到達村子的上空，小庫巴赫然發現地面上還有幾個外星人，迫於對小碧奇公主不停哭泣的無奈，只好再次發動攻擊，消滅了那幾個外星人。安全降落後，小庫巴讓小瑪琍歐和小路易去看看到底是什麼事。在他們解救了瑪琍歐和路易後，四人全部登上了庫巴的飛船，可惜好景不長，在外星女王的攻擊下，飛船不得不降落到庫巴城，可是大家卻失散了。
小瑪琍歐和小路易與外星人的戰鬥中，蘑菇大臣會給出幾個綠龜殼，幫助他們戰勝了外星人。
遊戲中，上屏的地圖中會出現帶「S」字樣的書，其實就是供玩家存儲遊戲的地方，另外在存儲同時，上屏會給出遊戲提示。
流程2：蘑菇森林(Toadwood Forest)Toadwood Forest
| Toadwood Forest | ||
| 區域1 | 區域2 | |
 |  | |
| 區域1要點 | 區域2要點 | |
| 場景3觸發劇情進入場景6，m、l進入木樁把裡面的有火的開關全頂後，M、L頂外面的開關，就能燒掉擋在場景7入口的樹。 | 場景4m、l進木樁後，M、L站在平台上，m、l頂木樁裡開關使平台移動，控制好方向。 | |
| 區域3 | 區域4 | |
 |  | |
| 區域3要點 | 區域4要點 | |
| 場景2劇情過後的戰鬥勝利後學的特技錘子（r+x)、鑽地（r+y），m、l從左邊的門過去。 | 場景2還是用錘子砸按鈕開門，進入場景3m、l進秘道後砸按鈕、外邊的電網消失後，M、L過去頂紅綠兩色的開關後，秘道裡出現通路，m、l過去砸下一個按鈕消除前方的另一個電網後，4人依次再頂開關，秘道出現台階，m、l出秘道後向左，砸開那裡的兩個按鈕，通往4、6的門就打開了。場景7的過法和2的基本一致，過後存檔、開門進入BOSS戰。 | |
| Boss戰 | |
| 正常情況下boss的防禦力很高，而且受到攻擊後會立刻反擊，此戰的關鍵在兩旁雜兵手裡的道具扔進boss面前的杯子後，裡面水顏色的變化，boss喝了綠色的會吸收飛碟的能量發動攻擊，紅色的回復hp，喝了黑色的boss會暈厥，此時的防禦力大幅下降、而且受到攻擊不會反擊，所以掌握好攻擊次序、控制杯子裡水的顏色是本戰的關鍵，這是遊戲中的第一個boss沒什麼難度，過後得到第二個碎片，回到城堡裡找到博士觸發劇情，新的漩渦出現後，到門口找蘑菇學會新技能旋轉（R+B），4處新的時間漩渦目前能去的只有兩個，城堡右下角的漩渦通向我們以前去過的蘑菇村莊，目前應該前往圖書館的時間漩渦。 | |
 |  |
| 綠色是默認的，攻擊不同的敵人來調整水的顏色，這點要牢記。 | 攻擊下方拿毒藥的敵人使水變黑，boss喝後暈厥，全力攻擊吧。 |
劇情：
在中途發現了小瑪琍歐和小路易，大家聚在一起後，通過行李箱的幫助，終於開始了4人一起的冒險。在拿到一個Cobalt Star的碎片後，大家再次看到一個時間洞以及茫然的蘑菇大臣，於是一起返回了現代蘑菇王國。
鎖住的大門，需要4人一起站在門口的機關上，才能順利打開。
普通跳躍無法上去的平台，要先把小瑪琍歐和小路易扔上去，頂下感歎號磚塊的機關後，方可繼續冒險。
大水管與開門的機關類似，必須4人一起跳上才可穿過。
帶水管圖樣的磚塊，可以將身處異地的其他兩人直接拉過來，非常方便。
中途房間需要4人一起配合，由馬力奧和路易在外面按大磚塊上出現的M&L對應的頂出星星，給在黑暗房間裡的小瑪琍歐和小路易探路。如果頂失誤只有重新來過，要注意。
跟博士對話後得知，Cobalt Star碎片擁有巨大的力量，必須找到其他的碎片以合成，於是，另外一個時間洞開啟了，大家也開始繼續的冒險。
在森林裡大家發現了被封在樹上的蘑菇，原來他是公主的隨從之一，他告訴了大家公主被抓去的經過，並且將他們困在樹中的原由。蘑菇還告訴瑪琍歐，一定要去工廠解救他們。
森林的樹洞裡會有磚塊或怪物，藏有不少金幣或道具，建議拿齊。方法是把小馬力奧和小路易扔進去，裡面會有逃出用的彈簧。
開始右上方的路被樹木擋住，要在下面的場景裡解謎，由小瑪琍歐和小路易進入樹洞，將6個火種頂出來，再將它們分別頂到中間的大磚塊裡，全部頂出後，就會燒掉擋路的樹木。
之後的第二的大場景，需要把工廠門口的兩個爪子先弄壞，從右面出發，在頂過機關後再從上面向左邊走，開啟第二個開關，就能順利進入工廠了。
可控制的移動平台，要讓小瑪琍歐們站在機關下控制其移動方向，讓瑪琍歐和路易從平台順利的到達後面，以頂開機關繼續冒險。
正當大家順利進入工廠內部，卻遇到了兩個被控制的錘子龜，由於瑪琍歐和路易被類似鼻孔的機器吸住不能動，這場戰鬥只有小馬力奧和小路易參戰。
Battle 2
只有小瑪琍歐和小路易的戰鬥，有點麻煩。多利用綠龜殼和火焰花來攻擊，對手的HP並不太多，主要是他們的合體攻擊，一定要看清楚站在後面的錘子龜是橫向擊打還是縱向，前者跳躍躲避，後者不動即可躲開。其他的普通攻擊很容易躲避，不多敘述。
戰鬥結束後，錘子龜為了答謝小瑪琍歐和小路易的救命之恩，送給了他們兩把錘子，並且傳授了使用方法（上文有介紹）。之後，小瑪琍歐和小路易去營救被困住的瑪琍歐和路易，然後4人繼續冒險。
小瑪琍歐和小路易先踩下黃色的開門機關，之後運用才學到的動作突破各個難題。在吸走瑪琍歐和路易的機器那裡，分別將其四個角的能量罐打破，即可順利救出他們。
之後的冒險大部分都是帶有解謎要素，切換角色互相幫助等，仔細觀察遊戲環境不難通過。
4人走到了工廠的內部，發現了一隻巨大的毛毛蟲。原來，外星人利用森林的資源來給他們的飛船供應能量。正當大家不知所措時，小瑪琍歐舉起鐵錘向其能量瓶揮去，此舉動激怒了這只毛毛蟲，轉身與4人開戰。
Battle 3
毛毛蟲boss一直處於充能狀態，遭到攻擊即會用地震波進行反擊。需要注意的是一旁的雜兵。攻擊雜兵會使其手中拿的蘑菇掉入杯中，毛毛蟲會吸入。若掉入的是毒蘑菇，則毛毛蟲會因吸入毒水處於癱瘓狀態，這是攻擊它的最佳時機；若掉入的是普通蘑菇，則毛毛蟲會吸入給自己回復HP。所以，當雜兵手中拿的是毒蘑菇時，就先攻擊雜兵，使毛毛蟲癱瘓。而當雜兵手中拿的是普通蘑菇時，就不攻擊他，讓其自己吃下。
此戰鬥切忌使用群攻的兄弟道具，多用綠龜殼或小型炮台，是對付毛毛蟲boss的主要方法。
在消滅掉毛毛蟲後，從它身上找到了第二塊Cobalt Star碎片，之後小庫巴突然跑來，奪走了這兩塊Cobalt Star碎片，而大家無奈，只好回到了現代的蘑菇王國，找博士商量。博士說在城堡裡出現了不少時空洞，而大家來到花園處，意外的在蘑菇大臣那裡學會了新的動作。
流程3：耀西之島(Yoshi Island)區域1 區域2
| 區域1 | 區域2 | |
 |  | |
| 區域1要點 | 區域2要點 | |
| 進入場景2的兩個屋子裡引發劇情後，騎掃把的巫師會打開通路，場景4m、l從彈簧到雲層後，用錘子把開關砸下後，再頂一下就能得到金幣。 | 在場景2里學會喝水技能後，就能把火澆滅，場景5、6、7都是m、l喝水，再到管子前吐了，就能火滅了，（5、6很容易，7要把4個彎頭的方向調整好，多試試不難的。）然後頂這三個場景裡有「！」的方塊，往場景8的路就通了。 | |
| 區域3 | BOSS戰 | |
 |  | |
| 區域3要點 | BOSS戰要點 | |
| 場景4M、L頂「！」的方塊後出現秘道，m、l到秘道裡喝水，就能把途中的火滅了，其它場景熟練掌握兩組人的技能不難通過，過後是小型的boss戰。 | boss在空中時會使用分身，只有攻擊到主體才有效，在地面則是放火焰或者扔鐵球，此boss的攻擊手段雖然很多，但都很容易躲避，hp也較少、此戰難度一般，劇情過後眾人被吸入恐龍體內。 | |
| 區域4 | 區域5 | |
 |  | |
| 區域4要點 | 區域5要點 | |
| 場景2m、l先去右上的洞裡把物品頂出來，得到後把場景7門口的恐龍救起。 | 場景3m、l彈上去喝水後，M、L把場景裡的兩個蛋頂一下，m、l再吐中M、L頂上去的兩個蛋，救出兩隻恐龍石頭就能推開了。 | |
| BOSS戰要點 | ||
| 開始先攻擊boss周圍的蛋救出小恐龍，救出5只後小恐龍會從上方推下石頭砸倒boss露出要害，boss主要的攻擊手段是扔場景裡的恐龍蛋，很好躲的，boss倒地後會拉鏈子使地面出現陷阱，跳起即可。打敗BOSS後從大恐龍體內逃脫，回到城堡先後找博士和老蘑菇學變球的技能，有？」顯示的房間裡變球滾左邊的齒輪會出現新的管道，不過目前進去也走不遠。還是先去中間的那個漩渦吧，那裡的門要在限定的時間內趕到門邊頂起開關才能打開，變成球很容易辦到。 | ||
 |  | |
| 先攻擊恐龍蛋、救恐龍是此戰的關鍵 | BOSS倒地後全力攻擊其要害，推薦使用Cannonballers。 | |
劇情：
從時空洞來到了耀西島，路上的屋子裡遇到了新聞記者，並發現躲在屋子2樓的耀西們。當小瑪琍歐和小路易上去詢問原由時，突然出現了一隻巨大的恐龍，它把所有的耀西都吞到肚子裡了，4人幸運的逃過這一劫。正準備出發時，在一旁的屋子裡發現了小庫巴的助手巫師。
進耀西島的時空洞在城堡2樓，需利用才學會的動作進入。
商店隨著遊戲的進度會慢慢的出現新的裝備，有金幣的玩家不妨考慮更新裝備。
徽章可以不用更新，前期沒有出現很好用的，而且，到現在為止正好能得到4個徽章，將就用著先。
瑪琍歐向巫師說明了情況，巫師告知小庫巴在山頂，然後就獨自走了。可是卻被巨大的恐龍吃掉，可能是不好吃的緣故，又被吐了出來。隨後，巫師用魔法打開門繼續前進。
進入水管來到第二場景處，巫師用火魔法擋住了4人前進的路線，這時正好一旁有水流，用小瑪琍歐喝水，再用小路易的鐵錘敲擊即可發射水球，用這招可以滅去擋路的火苗。
場景中出現了三個虛型磚塊，分別頂對應顏色的感歎號磚塊機關即可使其實型。
紅色機關需要小瑪琍歐和小路易用彈簧跳到雲彩上，再喝水利用轉向裝置滅火。
綠色機關處先要用小瑪琍歐的鑽地進入山裡，從兩個洞口處吐出水球，再用瑪琍歐和路易的空中旋轉前去頂開機關。
藍色機關處，先將下方的轉向裝置調整好方向，再讓小瑪琍歐和小路易用彈簧跳上去喝水吐火即可。
之後需要分頭行動了，瑪琍歐和路易的空中旋轉，可以借助空中的旋風轉的更遠，然後頂開紫色開關讓小瑪琍歐和小路易利用鑽地進入。再喝水熄滅擋路的火苗後，大家會合繼續前進。
大家發現了小庫巴，小裡奧和小路易趁小庫巴在炫耀碎片之時，把他的餅乾全都吃完了，小庫巴很生氣，後果卻不嚴重，自己先走，讓巫師殿後。
Battle 4
巫師的分身看起來很難，其實用火焰花很容易破掉（注意在空中，故用小瑪琍歐和小路易的控制鍵攻擊），而他另外一技空中掉落鐵球，只要看準時機用鐵錘敲打回去，就會對其造成傷害，千萬別把掉下的蘑菇敲給他了，這樣的好東西一定要留給自己享受。攻擊幾次後巫師會掉下來，他會用火魔法，只要躲開，火就會燒到他自己，之後他會迅速衝過來，要及時揮動手中的鐵錘。多利用綠龜殼、小型炮台、火焰花（破分身專用）等兄弟道具，可以造成巨大的傷害，一般7、8個回合就搞定他了。
小庫巴到達山頂，發現無路可走了。4人趕到，正準備被奪回碎片，冷不防小庫巴使出看家本領，將碎片吃進肚子了。就在4人想辦法時，那只巨大的恐龍被外星人施加了能量變的更大了，因此也把包括小庫巴的大家吃進了肚子。（這個才是真正的看家本領吧……）
在恐龍的肚子裡，正當大家一籌莫展時，耀西的行為引起了大家的注意。原來，把這塊巨型餅乾推下，就能使恐龍的腸子暢通，因此大家開始解救其餘的耀西們。
從地圖上看，從左往右分別編號為1～5。
1號房間很容易，只要消滅那個外星人就行了；
2號房間裡先要對應牆壁上的兩盞燈，用小瑪琍歐將下面的兩個可變色機關敲擊成對應顏色，再利用鑽地動作進入裡面，對應困住耀西的房間上的燈的顏色敲擊，即可打開門救出耀西；
3號房間的門口趴著一隻耀西，它餓了，在離他最近的一個洞裡可以找到水果，給耀西吃了就會幫忙推餅乾了；
4號房間則是要小瑪琍歐和小路易利用彈簧上到高處，再從第三個洞掉下來，敲擊牆上的開關，救助被困住的耀西；
5號房間先要小瑪琍歐和小路易鑽地進入，用水球打掉小飛碟，之後會炸開路，再消滅那個外星人就能救出耀西了。
第二個場景處的路又被擋住，而一旁正好有兩個耀西蛋。小瑪琍歐和小路易用彈簧跳上，然後瑪琍歐或路易將蛋頂上去，再發射水球將蛋打到水管處下來，就能救到兩隻耀西，推開擋路的巨型餅乾。
耀西們合力將巨型餅乾推了下去，腸子暢通，大家也加油逃出這裡。進入水管來到另外一個大場景，發現耀西們被機器做成蛋運走。而在另外一個場景，大家發現了隨從公主的喪失記憶的蘑菇，他努力回憶了以前發生的事，並把他的手繪交給了瑪琍歐們。走到最後那個房間，發現了一隻蛋狀怪獸，看來要逃離這裡必須要和這怪獸幹上一架。
Battle 4
怪獸boss的防禦很高，不過各位玩家有沒有注意到它身邊的蛋，其實，只要打掉5個蛋，救出5只耀西，它們就會幫你向怪獸boss推巨型餅乾，這時正好將其砸倒，防禦弱，是攻擊它的最佳時刻。怪獸boss的攻擊不難躲避，多利用兄弟道具來打蛋以及打boss，不久勝利就會屬於我們。
大家利用恐龍的排泄器官順利逃出，一起出來的還有小庫巴。大家在回去的路上遇到了小庫巴，它正享受著耀西送的餅乾。當瑪琍歐等人前來時，小庫巴立刻吃掉所有餅乾，可惜噎了一下，將兩塊Cobalt Star碎片吐了出來，於是物歸原主，大家也回到了現代蘑菇王國。
大家將蘑菇的手繪交給博士，博士告訴大家要盡快收集Cobalt Star碎片，之後在城堡頂處又出現了一個時空洞。先去花園，可以從大臣那裡學到新的動作。
城堡一樓出現了一個隱藏地點，用新動作變球可以打開下水道的入口，進入後會發現一個詭異的紅衣人，一直跟隨他會來到他的商店，用各地得到的豆子可以換取這裡的徽章。另外在下水道會拿到不少金幣。
流程4：沙漠地帶(Gritzy Desert)Gritzy Desert
| Gritzy Desert | |
| 區域1 | 區域2 |
 |  |
| 區域1要點 | 區域2要點 |
| 場景2引發劇情後大門關閉後，兩組人分開行動，建議先清除各個場景裡的雜兵後再去頂方塊，這樣安全些。一組頂4，另一組頂7場景的紅綠方塊，場景5里M、L變球滾進炮裡，m、l進一旁的秘道裡砸按鈕就能發射到場景6了，兩組人再分別頂6、9的紅綠方塊，這樣對角的石像發射的光束解除場景2里方塊的封印後回到場景2頂「！」的方塊，門旁出現台階。 | 場景3里的秘道裡有不少東西可拿。 |
| BOSS戰 | BOSS戰要點 |
 | BOSS用棒糖攻擊時一回合是多次的，雖容易躲但是攻擊力高，另一種是根據上屏落下的道具隨機攻擊，不過傷害一般，黑蘑菇有中毒效果，總體來說此BOSS不難，卻很磨時間，戰後眾人被砸入地下。 |
| 區域3 | 區域4 |
 |  |
| 區域3要點 | 區域4要點 |
| 場景2把火滅後，用錘子砸開裂縫，裡面是商店。 | 場景2還是迷你遊戲限時頂開關。 |
| BOSS戰要點 | |
| BOSS在空中時會使用衝撞，這招不易迴避，鑽入地下以後攻擊方式有3種，都比較容易對付，但是要注意BOSS鑽入地下後不可跳躍攻擊，熟練掌握Trampolines能使戰鬥時間大幅縮短，打敗BOSS後得到第3塊碎片，將BOSS身後的牆壁敲碎繼續前進救出公主。回到城堡找老蘑菇學小孩的飛翔和壓扁技能，用飛翔技能救出被壓扁後吹走的小公主。然後來到公主的房間，劇情過後使用剛學的飛翔技能進入庫巴掉入的時間漩渦。 | |
 |  |
| BOSS在空中一回合的攻擊是多波次的，而且不易迴避，留意hp，及時補血。 | 在地下時用球撞擊可以用錘子砸回，出現象流沙一樣的情況時連續跳起即可，攻擊時用跳躍會傷及自身，用錘子砸吧。 |
劇情：
用新學會的技能輕鬆打開進入沙漠的鐵門。
在沙漠裡，大家發現了外星人的基地，好奇的進去，立刻被外星人小兵追殺。這時，瑪琍歐再次遇到了新聞記者，他告知外星女王快要來這裡了，大門即將關閉。而要找到碧奇公主，必須深入其基地探索。
場景中有四個dry bone的雕像，分別開啟相對的雕像，就能融化基地門口被封住的機關。當然，在開啟一個時，只有幾秒的時間開啟另外一個，所以最好的辦法就是分頭行動。沙漠中有不少磚塊，裡面都有許多好道具，建議拿齊。
大家成功潛入基地內部，新聞記者又跑來，一起觀看外星人的儀式。可憐的碧奇公主被扔進了食人花的嘴裡，正看著高興，新聞記者被巡邏的外星人帶走了，而這時，瑪琍歐等4人也進入基地內部，與外星人戰鬥。
進入左邊的房間，運用新動作到達1樓。在中間的房間裡，出現之前類似的謎題，之後就能進入基地的舞台。
Battle 5
boss是一個拿著巨大棒棒糖的外星人，他的攻擊方式不多，但是攻擊力超高，受攻擊要及時補充HP。多用遙控狗和小型炮台以及降屬性的雪球花來攻擊boss，是非常不錯的打法。
消滅了敵人，卻被外星女王打下了基地底部，沒辦法只好朝深處走去。在最後的場景處，頂開那個磚塊，就會遇到吃掉碧奇公主和新聞記者的食人花，看來不免又是一場惡戰。
開始會見到一個商店，需要先滅火，再用小瑪琍歐的鐵錘敲壞牆壁，才能進入。
多用才學會的變球動作，在之後的某個場景裡，需要利用變球帶動那裡的機械運轉，再用小瑪琍歐吐水球，以擊中的圖標與下面滾動的圖標相符為目的，在三次成功後便打開繼續的道路。
Battle 6
食人花boss，顯然，它的弱點是火了，多用火焰花攻擊它吧。它的攻擊傷害也高，要加油躲避，它在空中時可以用跳躍攻擊，在地面時是不可以用跳躍攻擊的。難度不高，多用兄弟道具打吧。
消滅了食人花boss，從它肚子裡蹦出來的是新聞記者和第三個Cobalt Star碎片，他拿出了一個巨大的鑰匙，向大家又說了一些東西，之後就離開了。4人在最裡面找到了被紫蘑菇粘住臉的碧奇公主，無奈也只有先回到現代蘑菇王國了。
在花園，兩位大臣又教給了大家幾個新動作，而這時，公主的臥室處傳來動靜，大家只好過去一趟。原來庫巴來到了城堡，將碧奇公主帶走了，在離開的路上不慎掉入了時空洞，4人為了救回碧奇公主，繼續冒險。
用新學的動作讓小瑪琍歐2人進入時空洞即可。
流程5：火山口(Thwomp Volcano)Thwomp Volcano
| Thwomp Volcano | ||
| 區域1 | 區域2 | |
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| 區域1要點 | 區域2要點 | |
| 場景2里「！」的方塊用飛翔就能就能頂開。 | 場景2用飛翔、旋轉技能通過，場景3變扁進秘道頂「！」方塊。 | |
| 區域3 | BOSS戰 | |
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| 區域3要點 | BOSS戰要點 | |
| 場景2的過法和上一區域場景5的一樣，場景7轉動齒輪開門進入，劇情後旋轉手輪使水流出，喝水熄滅右邊燃燒的大石塊，返回火山口迎來BOSS戰。 | BOSS主要的攻擊手段是從空中落下產生衝擊波，跳起不難迴避，當它受到一定傷害後會分身，此時的攻擊方式變為衝撞，可以用錘子砸回，消滅4個分身後，又合為整體，受到一定傷害再分身，BOSS的攻擊都很容易躲避，此戰難度不大，過後眾人進入地下。 | |
| 區域4 | 區域5 | |
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| 區域4要點 | 區域5要點 | |
| 場景2用飛翔過去，途中有金幣可拿，場景4是類似老虎機的mini遊戲，此地圖以戰鬥為主，沒什麼難度，到場景7登上石頭、繼續向下。 | 場景2操作平台一路向右下方，場景9頂「！」的方塊，站在落下的石頭繼續向下。 | |
| 區域6 | 區域6要點 | |
 | 場景2通過綠管子後頂「！」方塊就能連通區域5和6了，另一處通往區域4。 | |
| BOSS戰 | |
| 庫巴父子的攻擊手段很多，boss的攻擊方式主要有落地產生衝擊波、落石、噴火，跳起都不難迴避，放出龜殼時用錘子砸回，幹掉大的後，小的攻擊比較單一，很好躲的，另外boss受到一定傷害後會補血，總體來說此戰難度一般，打敗boss後公主被抓入UFO內，眾人也一同進入了UFO。 | |
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| 砸回放出的龜殼這是唯一可以攻擊小庫巴的機會，但要往返多次才行，攻擊道具熟練運用也是盡早結束戰鬥的關鍵。 | 小庫巴的攻擊都很容易躲開，此戰相對要輕鬆些。 |
| 區域7 | 區域8 |
| 此處忘記截圖 |  |
| 區域1要點 | 區域2要點 |
| 場景會移動「！」的方塊在陰暗的地方時，m、l進秘道砸按鈕照亮後，M、L去頂，如此4次就能通過了。 | 一路到最裡面劇情後，來到新的區域 |
劇情：
4人從火山腳一直走到頂部，在那裡發現了公主的頭冠。正在想辦法時，火山居然爆發了，這時，眾人只好來到山腰處的房子裡，赫然發現博士正在研究著什麼東西。火山迸發的燃燒石塊掉進了博士的研究所，用瑪琍歐打開水管開關，再讓小瑪琍歐喝水去滅火。這時，博士像是領悟出什麼東西來著，而現代的博士也同樣領悟到了，於是利用高壓水直接噴入時空洞，開始滅火山。
第一個場景就要用到新動作，用小瑪琍歐頂開機關後打開石門。
之後的一個場景，同樣要用到新動作，使小瑪琍歐們被壓扁後進入，利用大風吹到上面，最後在打下機關後，讓瑪琍歐頂開機關即可進入下一場景。
博士研究所裡滅火要多喝點水……
重新到火山頂，發現了兩個石頭怪，由於火被滅了，那個圓石頭怪直接來找瑪琍歐們的麻煩。
Battle 7
石頭怪boss的攻擊方式比較單一，分身前他會吐出石頭滾向我們，這時只要用鐵錘砸壞就行了，還能得到不少兄弟道具；分身後，其中有兩個牙齒相同的小石頭，之一就是其本體了。在一定時間後，他會使地面產生衝擊波來攻擊眾人，看準時機跳躍躲避即可。總體來說這個boss擊倒難度不是很高，主要是他皮糙肉厚，戰鬥時間會很漫長。
借助方型石頭的作用，大家來到火山內部，這時，碧奇公主被庫巴帶到了最裡面，而小庫巴也和庫巴會合。於是，大家開始火山內部的冒險。一直走到最底層，瑪琍歐們遇到了公主，這時庫巴和小庫巴們出來，戰鬥開始。
這裡的2D場景，大都是用新動作過去的，中途可以得到一些金幣。
這裡出現一種金燦燦的怪，HP很低，防禦很高，逃跑幾率大，但是它掉落的金幣很多，一定要多打一些。
第二個2D場景有個mini遊戲，可以玩老虎機，打成三個相同圖案就會有獎勵，遊戲次數則是依之前瑪琍歐們變球時獲得的水晶數目。
下落至另一個大場景時，由於綠色的磚塊擋住路，眾人只有走下去。
走到最下面時，頂開綠色感歎號機關，即可從石塊處下落。
玩過一個收集水晶的mini遊戲後，就能降落至最底部。
Battle 8
庫巴組合，難度一般，主要麻煩在於小庫巴會恢復HP，一開始只能攻擊庫巴，待小庫巴用鐵錘敲庫巴古來時，要及時打回去，這樣可以打小庫巴了。在消滅小庫巴後，庫巴的攻擊開始變厲害，要多加小心，多用複製花等兄弟道具攻擊吧。
庫巴們還是輸給了瑪琍歐眾人，而這時火山突然噴發，將庫巴們送到了高空。庫巴掉了下來，進入時空洞，而小庫巴卻巧合的掉在了外星飛船的上面。那只外星飛船飛到了山腳，在山腳處開了一個洞，將碧奇公主吸走了，這時瑪琍歐們也跟著被吸進了飛船裡。
在飛船內部的2樓，眾人終於見到了碧奇公主，可是不一會就消失了，原來是一個全息影像。這時假扮公主的外星女王帶領小兵包圍了大家，湊巧的是，新聞記者混在小兵當中，他解救了大家，並一起乘電梯進入了控制室。他拿出了那把巨大的鑰匙，插入了終端。沒想到的是，鑰匙居然打開了眾人腳下的陷阱，大家都掉出飛船。
敵人越來越強了，普通戰鬥就有可能導致仲間戰鬥不能，要多注意。
1樓的黑暗長廊處，需要先讓小瑪琍歐兄弟用彈簧跳上去，這時瑪琍歐兄弟要跟隨磚塊機關移動而移動，然後讓小瑪琍歐兄弟打開燈泡開關，照亮機關的位置，然後瑪琍歐兄弟再頂開機關，頂過幾次後之後的門就打開了。
流程6：蘑菇村廢墟 和星星山(Toad Town&Stars)Toad Town
| Toad Town | |
| 區域1 | 區域2 |
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| 場景1里標有紅蘑菇的房子是商店，m、l從右邊的屋裡來到場景5，自此兩組人要分開行動，此區域和沙漠裡的區域1的過法一樣也是一組頂了紅綠方塊後馬上切換的另一組接著頂另一處的紅綠方塊，反覆如此就能通過該區域，左下的漩渦能返回城堡，注意返回途中有條管子裡有隱藏商店，裡面的東西要用豆子才能買。 | 場景2M、L旋轉齒輪，m、l變扁進秘道通過裡面上升的氣流從左邊最上層出來，一路往前，遇到BOSS，開打。 |
| BOSS戰 | |
| 一開始BOSS領著3個雜兵舉著炸彈出來，眾人主要攻擊對象是雜兵，要注意的是如果你把左邊、中間的幹掉的話，炸彈失去平衡就會向你滾來，此時BOSS的主要手段是扔炸彈或雜兵衝撞，注意跳起時機不難躲避，BOSS單人時攻擊方式變為放雜兵、開槍射擊，都很容易迴避，過後來到新的區域 | |
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| 考慮好攻擊順序，幹掉中間、右邊的讓炸彈往回滾，是此戰的要點。 | 熟練掌握錘子以及跳起的時機就能輕鬆搞定。 |
| 區域3 | 區域4 |
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| 區域3要點 | 區域4要點 |
| 到場景5m、l從左邊的彈簧上去喝水後，吐中M、L用旋轉送上去的方塊，然後再從右邊的彈簧上去把方塊頂下來，M、L接著頂剛剛掉下的方塊，一路返回場景2。 | 如圖所示把該區域同一顏色連起來就能通過，其中場景3是照明找路，遊戲中已經遇到過多次了，場景5把秘道裡方塊的顏色頂的和「！」方塊提示的一樣即可。 |
| 區域5 | BOSS戰 |
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| 區域5要點 | BOSS戰要點 |
| 場景4從秘道中右上的入口進去往右砸按鈕，場景6遊戲中唯一用的觸摸屏的情節，用筆塗右下角後BOSS出現。 | 此戰跳躍攻擊對BOSS無效，用錘子或道具攻擊吧，BOSS開始的攻擊方式衝撞、扔火球、放冰塊把眾人凍住後揮鐵球，這幾種都不難迴避，當BOSS使用衝撞時會在面前停一下，用錘子能反擊幾次。 |
劇情：
這時小庫巴悄悄的混進飛船內部……新聞記者掉到了耀西島，而瑪琍歐眾人卻掉到了蘑菇村廢墟。這時行李箱發話了，它說剩下的碎片在星星山，從廢墟下面的水管可以到達。
廢墟門口有出售裝備和道具的商店，這裡的裝備很不錯，推薦購買，道具特別是兄弟道具已經齊全了，有閒錢的話，可以買一些來玩。
在廢墟裡要分頭行動，才能打開兩扇大門，按順序頂機關的謎題不再多述，要注意的是廢墟裡的敵人變得更強了，要小心防範。
廢墟左下方的時空洞是到沙漠的那條路，相信之前有的玩家已經來過了，在水管那裡定開機關就能過去。
星星山中途需要用瑪琍歐兄弟的變球動作使小瑪琍歐兄弟變扁，然後通過裡面的路到達山上，再用水管使瑪琍歐兄弟過來。
中途會拿到不少有用的道具，一定要多收集。
星星山
眾人到達星星山，看來是要去山頂尋找了，正走到山腰處，忽然發現了外星人的一個司令，他召集了不少士兵，看來是要跟瑪琍歐兄弟們來場較量。
Battle 9
司令會召集三個小兵抗一個大炸彈，若要打司令本體，必須要讓炸彈將其炸過來。所以，在三個小兵抗炸彈的時候，就要優先攻擊後兩個士兵，這樣炸彈便會滾回去，炸司令過來了。司令的攻擊方式比較單一，無非是用小兵扔向我方，用鐵錘砸掉即可。注意他在兩個回合後會重新召集，所以在那時就狠狠進攻，多利用雪球花複製花等兄弟道具。
在星星山頂，眾人遇到了這裡的守護者，他告訴大家，要完全收集Cobalt Star碎片，對付外星女王，而星星山的宮殿裡就有其中一個。不過，路易在接受試煉時失敗了，守護者告知他不用繼續了，瑪琍歐費盡口舌才告訴了守護者，允許路易繼續一起冒險。
星星山頂的最上方場景，要頂到那個彩色磚塊，先要讓小瑪琍歐兄弟從左邊的彈簧跳到上面，利用瑪琍歐的旋轉動作使磚塊飛上去，然後小瑪琍歐吐水球擊飛到右邊，再從右邊的彈簧上去頂開，之後下來再頂一次。
頂出彩色磚塊後，回到守護者處，經過大段劇情後，就可以從其身後過去，來到了5座星星山峰。將五星用光線連起來後，中間便會出現入口，從最上面的山峰往下走即可進入水管。
每個山峰都有一個打開光線的機關，而頂機關打開的只是兩個半條光線，只有當其中一條連成時，才不回消失。所以，必須多次遊走於這五個山峰，將5條光線全部連起來後，中間的入口才會打開。
左下方的機關並沒有直接出現，而是需要解謎，其內容與之前流程雷同，不多敘述。
右面的機關同樣沒有直接出現，這兒的外面有一個機關，頂出後，在一邊會出現一個圖案，這時需要小瑪琍歐兄弟進入上面的小洞，依靠兩角色的頂磚塊來與下面圖案的顏色相對應，之後光線機關就會出現了。
在星星山內部，眾人順利拿到了第四個Cobalt Star碎片，這時，一個蘑菇和新聞記者趕來，那個蘑菇身上拿著的不就是第五個Cobalt Star碎片嗎？可是，當瑪琍歐等人要求合併在一起時，那個蘑菇卻十萬個不同意，跑掉了。沒辦法，大家只好去找他。到最後一個房間，大家發現躺在地上的蘑菇和新聞記者，當蘑菇告訴那幅手繪的秘密時，外星怪獸突然出現，而蘑菇和新聞記者則被變成了紫蘑菇。
中途的一個房間，需要讓小瑪琍歐兄弟變扁上去，盡量走快一點，走到上面某處會有個地方進入（需要鑽地），之後打開開關，瑪琍歐就可以從一旁的階梯跳上去了。
Battle 10
外星怪獸的攻擊方式多樣，其中有一招是放出兩透明球，困住瑪琍歐兄弟的跳躍，這時只有不停的跳躍來突破那兩個球體，其攻擊傷害也都很高，要多加小心。另外，這隻怪物頭頂有刺，所以前期不能使用跳躍攻擊或跟跳躍攻擊相關的兄弟道具，只有多用雪球花、龜殼等間接攻擊道具了（注意：此怪獸本身是火屬性，故不推薦用火焰花）。
而到了戰鬥中期，他會扔出刺球，並會躺下，這時就多用跳躍相關的高攻型兄弟道具吧。
後期這隻怪獸會變大，攻擊方式與之前相同，只是傷害變得更高。其中，在它變大時會從嘴裡吐出一個外星飛船，會倒記時，當到0時，飛船就會發射大炮，這時就「GAME OVER」，只有重新來過。而當怪獸boss扔出鐵球時，我們就要利用鐵錘砸向天上的飛船（註：瑪琍歐砸的方向是boss頭頂，路易砸的是我方的頭頂，一定要根據上空飛船的位置用不同角色砸，切記！），讓其記數出錯而重新倒記。多加油吧，最後的勝利肯定會屬於我們。
消滅了怪獸，第五個Cobalt Star碎片從它的肚子裡蹦了出來，瑪琍歐終於集齊了碎片，向前走，利用時空洞回到現代的水管，從這裡回到博士那裡，進行救出公主的商議。
現在可以在商店買到非常實用的裝備等，推薦更新。
流程7：桃子城堡（Peach Castle）Peach Castle (Past)
| Peach Castle (Past) | ||
| 區域1 | 區域2 | |
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| 區域1要點 | 區域2要點 | |
| 初到此處有很多場景現在去不了的，m、l從秘道裡右邊出來後，砸牆上的按鈕、頂從石像中出來的「！」方塊來到場景3，m、l去砸這裡牆上的按鈕即可。 | 頂3、4、5、6場景的紅綠相間的方塊後，解除方法和以前沙漠裡的一樣，兩組人分開走對角，到場景1頂「！」的方塊後從場景7的管道進入區域3。 | |
| 區域3 | 區域4 | |
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| 區域3要點 | 區域4要點 | |
| 從場景3牆壁的缺口進去後，遭遇飛碟攻擊，一直往前，場景5要在限定的時間內頂出口出的開關，場景6是個新的迷你遊戲A攻擊，B、X、Y調整飛船的高度，幹掉3波敵人即可過關，場景7右邊的管道是返回區域1的，左邊通往區域4。 | 先到場景3m、l用飛翔技能去砸牆上左邊的按鈕使平台升起後，M、L用旋轉去頂左邊平台上的「！」方塊，然後m、l再去砸右邊的按鈕，返回場景2四人依次頂紅綠相間的方塊後進入內部，發現公主。 | |
| 區域5 | 區域6 | |
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| 區域5要點 | 區域6要點 | |
| 場景3m、l通過秘道裡的氣流從出來後，去砸右邊的按鈕。場景4用飛翔，場景5m、l頂「！」方塊落下吊橋4人回合，從炮筒把M、L射到對面，M、L頂管子方塊把m、l傳過來，再用飛翔技能把m、l送到對面後，4人依次頂紅綠方塊。 | 場景7頂「！」方塊後，怪物出現把另一個方塊叼走，利用出現的方塊頂起其中兩個就能發射光束攻擊怪物，多試幾次不難的。當怪物還剩一滴血時會從5個管子同時出現，注意觀察、出來較緩的那個是主體，從場景8返回區域2的場景8。 | |
| 區域7 | 區域7要點 | |
 | （以下流程接區域2）一路來到場景5進入女王城堡最高出，引發劇情後從左邊上去，注意如果在這裡存檔的話，就再也回不去了，缺什麼的還是回去補充吧，進入場景6遇到敵方的飛船，這是上場射擊遊戲的強化版，不過這次只有擊中敵方小艦使其反彈到主艦上才算，難度有所提升，多試幾次吧，過後回到公主處遇到BOSS展開最終戰。 | |
| BOSS戰 | ||
| 第一形態用你最擅長的攻擊道具攻擊防護罩，使其變紅露出本體後就能傷害BOSS了，BOSS的攻擊手段很多，而且是一回合多次，還會令你中毒，適當使用加攻防的物品，及時補血，小心應付，過後會自動幫你補滿血。 | ||
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| BOSS手腳齊全時推薦Mix Flowers，對敵全體攻擊力還是不錯的 | 此時先打碎王冠，再給BOSS以重創。 | |
| 最終戰 | ||
| 此戰是純粹的防守反擊，只要將庫巴吐出的火球砸回或跳起躲開，火球就能攻擊到BOSS的靈魂，打掉其10滴血就OK了。 | ||
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| 此戰無法使用回復物品，基本功不紮實的話還是有點難度的 | 呵呵！攻略到此完成，謝謝欣賞。 | |
劇情：
好傢伙，外星女王已經完全佔領了蘑菇城堡，到處都是外星怪物，大家只有簡直到底，為了消滅女王，維護世界的和平奮力拚搏。
開始的場景，出現和之前類似的謎題，不必多述，在小瑪琍歐用鐵錘敲下開關後，瑪琍歐頂開開關即可從右邊繼續深入，左邊的幾個水管暫不用管。
這裡出現的怪物經驗值都比較多，推薦瑪琍歐裝備免費使用兄弟道具的徽章，戰鬥中直接使用最強兄弟道具——混合花，能夠輕鬆消滅敵人賺取EXP練級。
在第二場景處，又出現了類似沙漠的那種謎題，地圖上分佈有6個，其實最上面的兩個暫時不管，先將另外四個按解謎方式開啟，中間的機關就會解開，然後到中部頂開機關後，從中間的水管進入。
來到了蘑菇王國的2樓，中間長廊處有兩個外星飛船監視，要走到最上面的飛船處，只有從中間的路進入，上去的謎題不再多述。走到飛船，大家準備控制這艘船。
飛船的控制方法很簡單，除了瑪琍歐，其餘的都是控制飛船的飛行高度，而瑪琍歐則是控制炮彈的發射，看準敵人飛船的位置，給予炮彈攻擊，不過一會就消滅掉所有的外星飛船，這時下來後，長廊處的飛船就沒有了，可以順利通過。
從長廊裡到左邊的水管處，這裡的兩個水管，第一個是進入下一場景的，第二個則是回到城堡門口。從第一個進入。
房間裡的機關無法開啟，先到外面，可以看到上面有個機關，利用瑪琍歐的旋轉帶動小瑪琍歐兄弟轉上去，開啟那個機關，然後再讓瑪琍歐兄弟利用旋轉將外面的開關頂出，再讓小瑪琍歐去開啟，這樣房間裡的機關就能順利開啟了。
進入內部，大家在屏幕中看到了困在頂樓的碧奇公主，四處尋找，發現一旁法有一個水管，不由分說4人一起進入水管。誰料在水管外有一隻狗搗亂，使瑪琍歐等人到達了蘑菇城堡的底部。
進入底部，左邊的水管是通向城堡門口的水管，右邊過來後，這裡的謎題先要用瑪琍歐兄弟變球使小瑪琍歐兄弟變扁，進入牆上的洞口後，走到最裡面，那裡的風扇可以通過外面的開關控制風力，這時再用瑪琍歐兄弟的空中旋轉使其達到最大風力，之後小瑪琍歐兄弟走到最上面，用彈簧來到上面，打開開關後就可以繼續了。
上面的房間是一個2D的，所以，利用瑪琍歐兄弟的旋轉，使小裡奧借助旋風飛到前面即可。他們倆出來後，頂開一旁橋樑的機關，即能讓瑪琍歐兄弟過來。
之後的炮台處，先要用瑪琍歐兄弟將小瑪琍歐兄弟扔下樹樁，然後他倆變球進入炮台，小瑪琍歐兄弟在裡面用鐵錘敲開開關，即讓瑪琍歐兄弟飛過去，利用水管使他倆過來。
在此時的平台最右端，用旋轉使小瑪琍歐兄弟過去，然後會有一個4人合作頂出的機關，之後這裡的三個平台就連起來了，從中間的門進入，到下一個場景。
這裡的敵人隨機掉落一件裝備，是目前最好的瑪琍歐兄弟裝備，一定要拿到。
底部第二個場景，一開始的橋樑要靠小瑪琍歐兄弟的鑽地進入下面才能打開機關過去，而最右邊的針刺地帶，由於搗亂的狗再次前來將機關吃了下去，這時要利用解謎才能消滅它，讓機關回到原來的位置。
打狗的這個謎題其實不難，只要弄清楚了四塊機關發射的方向就行了，上面共有五個管口，四個機關，每頂了兩個 ，就會按照其順序向上面的水管發射，敵人共有四格血，也就是說要攻擊四次。需要注意的是，最後一次攻擊它會有4個假象來迷惑，如果錯誤後，看它的牙齒動作就能分辨出真身。
回到以前的那個場景，這時就要用小瑪琍歐上到房間高處的路，將最上面的兩個機關打開，之後使這裡的水管解凍，然後從這裡進入。
之後的場景都是單線程，也沒有什麼難度，走到最後面，大家找到被困的公主，並向公主說明為了來救她，已經收集了所有的碎片，正當公主要說些什麼時，外星女王駕駛著飛船突然向這邊發動攻擊，於是大家邊跑邊想辦法，不小心就跑到了一個飛船裡，剛才練習過的飛船大戰又要再度登場。
這裡的飛船控制與之前的一樣，只是，這次各自都有生命值，如果我方的HP降到0，無奈只有game over了。所以一定要擊落女王的飛船，打法也不難，只要攻擊它放出來的飛船，撞到女王的飛船上就會對其造成傷害，而我方則要看清楚對方放出來的飛船的移動軌跡，能躲則躲，然後看準時機給予傷害。
成功擊落女王的飛船後，大家回到公主那裡，發現公主已經或額了自由，正在這事，女王出現了。
Battle 11
女王的攻擊其實算不上複雜，而經歷過這麼多戰鬥的玩家們也應該對敵人的攻擊躲避有多覺悟。多餘的話不說了，祝大家愉快地欺負女王。
公主將Cobalt Star的所有碎片全部合成整體，正在這時小庫巴突然出現，奪走了Cobalt Star，卻意外的被女王變成了紫蘑菇，原來Cobalt Star的合體使外星女王的孿生姐姐復活了，沒辦法，又要來一場戰鬥了。
Battle 12
女王的姐姐第一形態比較簡單，空中的飛船盡早打落，然後猛攻之即可。第二形態，她變成了一隻巨大的章魚，攻擊方式多種多樣，直接攻擊只造成極小的傷害。所以，首先要將她的腳消滅，然後攻擊頭頂發光的那個東西，等那裡的光黯淡後再攻擊就能直接造成傷害了。推薦先用混合花，一次性就能使其各個部分完蛋，再用其他兄弟道具進行攻擊。
end
艱難的消滅掉女王姐姐後，大家從空中掉了下來，小路易在小庫巴變成的紫蘑菇上被小瑪琍歐弄哭了，而這時小庫巴變了回來，原來眼淚可以解除這個魔法。博士利用這個方法，將人工製造的嬰兒眼淚噴向了這裡，所有被釋了魔法的紫蘑菇都變了回來，而這時時間機器也被修好了，眾人利用時間機器回到現代的蘑菇城堡。
大家回到蘑菇城堡，遇到了庫巴，瑪琍歐將女王姐姐變成的蘑菇給庫巴吃下，這時女王姐姐認為自己獲得了重生，再次站了起來，與大家開始了戰鬥。
Battle 13
女王姐姐的靈魂從庫巴的身體中游離出來，而這次戰鬥不能進攻，只能反擊或躲避庫巴的火焰攻擊，反擊其火焰能對女王姐姐的靈魂造成傷害，這場戰鬥非常簡單，只要使女王的姐姐HP掉完就勝利了。
庫巴再次倒地，外星人的進攻圓滿的劃上句號。
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